De Morgensterkerk is gebouwd in 1965 toen de Oude Kerk een tijd dicht moest vanwege een verbouwing. Er is gekozen voor een moderne zaal waarbij uitgangspunt was dat de gemeente zich om de spreker op de preekstoel zouden scharen. Voornaamste uitgangspunt bij de uitwerking van de inrichting van de zaal en het ontwerpen van de akoestiek was dan ook de spraak.

1965 - 1970: Durieux

Echt ruimte voor een orgel of muziek was er niet in het nieuwe gebouw en ook werd met behulp van adviseurs van de TNO gezorgd dat de akoestiek volledig gericht werd op het gesproken woord. Dat betekende dat er toen in het middenfrequentiegebied nauwelijks geluid door de muren werd weerkaatst en er ook geen nagalm was. Het plafond werd uitgevoerd met een openlattenstructuur en in de achterwanden werden geluidsabsorberende openingen ingemetseld. Onder de banken werden geluidsisolerende houtvezelplaten gemonteerd. De kerkzaal klonk destijds heel droog, wat de klank van de orgels niet ten goede kwam.

Vanaf 1965 tot 1970 een elektronisch Durieux-orgel gestaan. Al gauw bleek dit orgel niet te voldoen, bovendien waren er regelmatig diverse mankementen.

1970 - 2005: Leeflang

In 1970 werd door de kerkvoogdij besloten om pijporgel aan te schaffen. Onder adviseurschap van de Haarlemse organist Klaas Bolt (1927-1990) werd een orgel aangekocht bij de firma Leeflang te Apeldoorn. Dit orgel (II/P/9) had zoals het gebruikelijk was in die tijd, een erg scherpe (boventoonrijke) klank en had nauwelijks draagkracht door de nauwe mensuren. Tot 1995 heeft het Leeflang orgel, vanuit de kansel gezien, op de vloer rechts achterin de kerk gestaan.

In 1995 heeft dit orgel een grondige restauratie ondergaan, uitgevoerd door de firma Reil uit Heerde. Om te pogen de klank te verbeteren, werd het orgel verplaatst op een nieuw podium midden achter in de kerk. In het podium werd een nieuwe windvoorziening aangebracht. Verder werd het gehele pijpwerk opnieuw geïntoneerd, een register vervangen en in het windkanaal werd een tremulant geplaatst. Toch bleek ook dit niet het gewenste resultaat op te leveren. Dit orgel is in 2005 verkocht aan de Hervormde Gemeente in Heteren. Hier staat het in een kleinere kerkzaal met een goede akoestiek, waar het veel beter tot zijn recht komt.

2005: Maley, Young and Oldknow

De plaatsing van een nieuw orgel werd mogelijk door een legaat van een gemeentelid mevrouw D. van Rossum.  Eind 2004 is de orgelmaker Fokke Rinke Feenstra uit Grootegast gestart met de werkzaamheden aan het Maley, Young & Oldknoworgel. De restauratie heeft een jaar geduurd. 

De eerste onderdelen van het orgel werden op 7 november 2005 in de kerkzaal geplaatst.  Op eerste kerstdag 2005 heeft het orgel voor het eerst de gemeente begeleid en 26 januari 2006 is het orgel officieel overgedragen aan de kerkvoogdij van de Morgensterkerk.

Sinds de plaatsing van het orgel is getracht de akoestiek te verbeteren. In 2005 is de onderzijde van de banken voorzien van beplating. Tijdens de modernisering en verbouwing van de kerk in 2013 en 2014 is de akoestiek van de kerkzaal eindelijk goed geschikt geworden voor muziek. De wanden zijn gestuukt en de ruimte tussen de plafondlatten is dichtgemaakt. Hierdoor klinken muziekinstrumenten, maar ook koor- en samenzang veel evenwichtiger en is er tussen de 2 en 3 seconden nagalm gekomen. In het najaar van 2014 heeft de orgelmaker het orgel opnieuw geïntoneerd op de nieuwe akoestiek. Het resultaat is een prachtig muzikaal resultaat met een zeer diverse klankkleuren.